学校がやっている水族館というのが割と沢山あるらしい。

小学校、中学校、高校、大学、専門学校などがやっていたりする。
なんとなく行きづらいのでほとんど行ったことがなかったりする。小中学校とか警備が厳重そうだ。

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小学校だと、(神奈川県)横浜市立間門小学校の附属海水水族館(まかどシーマリンパーク)というのがある。常に一般公開はしていない。限られた日にだけ公開している。
他にも、いくつかミニ水族館的な水槽がある小学校はあるらしいが、一般に公開はしてなさそう。
・(千葉県)金魚 / 小学校の中の水族館！？ある小学校の取り組み
・(静岡県)浜松市立和田小学校 天竜川水族館

ウサギとかの小動物の飼育をしている小学校とかそんなに珍しくはないのだが、魚を飼育している小学校は意外と少ない(?)。
ミニ水族館くらいの規模になると、小学生が生き物係として世話をするにはちょっと難易度が高いからだろうか。熱心な先生が世話をすることになるのだと思うのだが、その先生もずっとその学校に勤め続けるとは限らないので、継続し続けるのが難しいのだと思う。

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中学校だと、(滋賀県)大津市立伊香立中学校の伊香立水族館というのがある。アクアリウム部という部活動の形でやっているらしい。常に一般公開はしていない。月に2回ほど土曜日に見学できるようだ。

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高校だと、(香川県)多度津高等学校のミニ水族館というのがある。よくニュースで見かける有名どころだ。生物科学部という部活動の形でやっているらしい。常に一般公開はしていない。学園祭のときだけ公開とか(?)。
他にも、いくつかあるらしい。
・(埼玉県)県立桶川西高等学校のハートフル桶西水族館
・(愛媛県)県立長浜高校の長高水族館
・(沖縄県)県立辺土名高等学校の辺高生き物博物館

他にも水産系の高校で飼育をやっているところはもっとありそうだが、水族館みたいに人に見せられる形でやっているところはあまり無いらしい。

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専門学校だと、いくつかあるようだ。
・学校法人神戸学園 神戸動植物環境専門学校　神戸学園水族館「AQUA TEXT」

このあたりは水族館の専門家を育成する学校なので、水族館的な施設を持っていて実習をしているようだ。
・名古屋ECO動物海洋専門学校
・仙台ECO動物海洋専門学校
・大阪ECO動物海洋専門学校
オープンキャンパスとかで見学ができるらしい。

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大学だと、かなり沢山ある。大学の付属施設みたいな場所もカウントするから多いのだろう。
・京都大学フィールド科学教育研究センター瀬戸臨海実験所水族館
・東海大学海洋科学博物館
・福山大学マリンバイオセンター水族館
・北里大学海洋生命科学部ミニ水族館 北里アクアリウムラボ
・近畿大学農学部水圏生態学研究室 里山ミニ水族館
・東京大学大学院理学系研究科附属臨海実験所展示室
・東京海洋大学 マリンサイエンスミュージアム(標本のみ?)
・東京農業大学「食と農」の博物館
・日本大学生物資源科学部博物館(骨の博物館)
・北海道大学総合博物館
・広島大学総合博物館
・島根大学総合博物館 アシカル
・九州大学総合研究博物館
・倉敷芸術科学大学生命科学科バイオコース
・愛媛大学ミュージアム
・公立鳥取環境大学まちなかキャンパス里山生物園
・島根大学汽水域研究センター
・琉球大学博物館 風樹館

探すともっとありそう。