この間書いたコードがちょっと間違っていたので修正した。
ovrvision.libのGetCamImageで得られる画像の形式はRGBでないので、正しく色が出ていなかった。
BGRからRGBに変換(つまりRとBを入れ替える)しなくてはならない。
Flip処理についても上下だけでなく左右も反転しなくてはならなかった。

修正したコードは以下の通り。

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>

#include "ovrvision.h"
#pragma comment( lib, "ovrvision.lib")

#include "opencv2/opencv.hpp"
#pragma comment( lib, "lib/opencv_core242.lib")
#pragma comment( lib, "lib/opencv_highgui242.lib")
#pragma comment( lib, "lib/opencv_imgproc242.lib")

OVR::Ovrvision* g_pOvrvision;

int main()
{
	IplImage *image,*frame1,*frame2,*frame1_copy,*frame2_copy;
	CvRect rect1s,rect2s,rect1d,rect2d;
	int w,h,adj;
	
	g_pOvrvision = new OVR::Ovrvision();
	if (g_pOvrvision->Open(0,OVR::OV_CAMVGA_FULL)!=OV_RESULT_OK) {
		printf("Ovrvision camera not found.\n"); getchar();
		return -1;
	}
	w = g_pOvrvision->GetImageWidth();
	h = g_pOvrvision->GetImageHeight();
	frame1 = cvCreateImage(cvSize(w,h), 8, 3);
	frame2 = cvCreateImage(cvSize(w,h), 8, 3);
	frame1_copy = cvCreateImage(cvSize(w,h), 8, 3);
	frame2_copy = cvCreateImage(cvSize(w,h), 8, 3);
	image = cvCreateImage(cvSize(w,h), 8, 3);
	
	adj = w/32;
	rect1s = cvRect(w/4+adj,0, w/2,h);
	rect2s = cvRect(w/4-adj,0, w/2,h);
	rect1d = cvRect(w/2,0, w/2,h);
	rect2d = cvRect(0  ,0, w/2,h);
	
	cvNamedWindow("image", 0);
	cvSetWindowProperty("image",CV_WND_PROP_FULLSCREEN,CV_WINDOW_FULLSCREEN); // fullscreen

	// main loop
	while(1) {
		if(cvWaitKey( 1 ) >= 0) { break; } // any key to quit
		
		// get image
		g_pOvrvision->PreStoreCamData();
		g_pOvrvision->GetCamImage((unsigned char *)frame1->imageData,OVR::OV_CAMEYE_LEFT);
		g_pOvrvision->GetCamImage((unsigned char *)frame2->imageData,OVR::OV_CAMEYE_RIGHT);
		cvCvtColor(frame1,frame1_copy,CV_RGB2BGR);
		cvCvtColor(frame2,frame2_copy,CV_RGB2BGR);
		cvFlip(frame1_copy,NULL, -1); // flip
		cvFlip(frame2_copy,NULL, -1); // flip
		
		cvSetImageROI(frame1_copy,rect1s);
		cvSetImageROI(image,rect1d);
		cvCopy(frame1_copy, image);
		
		cvSetImageROI(frame2_copy,rect2s);
		cvSetImageROI(image,rect2d);
		cvCopy(frame2_copy, image);
		
		cvResetImageROI(image);
		cvResetImageROI(frame1_copy);
		cvResetImageROI(frame2_copy);
		
		cvShowImage("image", image); // display
	}
	
	g_pOvrvision->Close();
	cvDestroyAllWindows();
	
	return 0;
}

—
追記

キャプチャー処理で、

g_pOvrvision->GetCamImage(
    (unsigned char *)frame1->imageData,
    OVR::OV_CAMEYE_LEFT);

の部分を

g_pOvrvision->GetCamImage(
    (unsigned char *)frame1->imageData,
    OVR::OV_CAMEYE_LEFT,OVR:::OV_PSQT_NONE);

とすると、ライブラリ内での画像処理無しで高速かつ少し広い範囲の画像を取得するとこができるらしい。
Oculus勉強会関西に行ったときにメーカーの人と話して、そのとき教えて頂いた。